Nitrat kommt überall in der Natur vor, Pflanzen benötigen es zum Eiweißaufbau. An sich stellt Nitrat kein Problem für den Menschen dar. Bakterien können Nitrat zu Nitrit umgewandelt. Dies macht man sich beim Pökeln zu Nutze, denn Nitrit macht Wurst und Fleischwaren haltbar und stabilisiert die rote Farbe des Muskelfleischs. Da die Umwandlung des Nitrats in Nitrit schlecht steuerbar ist, verwendet man zum Pökeln Nitritpökelsalz, so wird eine Überdosierung am zu salzigen Geschmack bemerkt. Beim Erhitzen kann Nitrit  mit Eiweißen eine Verbindung eingehen, es entstehen krebserregende Nitrosamine.
Bei der Herstellung von Schnittkäse ist es erlaubt, Nitrat in Form von Kalium- oder Natriumnitrat der Käsereimilch (max. 0,15 g/l) zuzusetzen. Damit verhindert man eine Fehlgärung und somit den Verderb des Käses durch Buttersäurebakterien. Käse, dem Nitrat zugesetzt wurde, darf erst nach vier Wochen Reifung auf den Markt kommen und muss mit „enthält Nitrat“ gekennzeichnet sein. Während dieser Zeit wird Nitrat größtenteils abgebaut. Bei in Folie reifendem Käse findet kein Nitratabbau statt. Aber auch hier findet man bei Zusatz der größtmöglichen  Menge in einer Scheibe (30 g) einen Nitratgehalt von max. 2,4 mg Nitrat. Im Vergleich:  nitratarmes Gemüse, z.B. grüne Bohnen, enthält pro 100 g essbarem Anteil 25 mg Nitrat. Eine gesundheitliche Beeinträchtigung durch regelmäßigen Verzehr von Schnittkäse lässt sich also ausschließen.
Weiterhin wird Nitrat beim Überbacken mit Käse immer wieder thematisiert, da nitrat- und  nitrithaltige Speise bei hohen Temperaturen mit dem im Käse enthaltene Eiweiß zu Nitrosaminen reagieren kann. Die DGE gab bereits im Ernährungsbericht 1996 Entwarnung: In Pizzen und Toastzubereitungen konnte kein überdurchschnittlicher Gehalt an Nitrosaminen gefunden werden.